Είναι καθηγήτρια θεωρίας και Σημειολογίας του θεάτρου στη Φιλοσοφική Σχολή του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών. Οι μελέτες της προωθούν θεωρητικά την θεατρολογία, με σαφή κατεύθυνση προς την παραστασιολογία, ως επιστήμη που αναλύει σε βάθος φαινόμενα της θεατρικής πράξεως. Οι έρευνές της, τον τελευταίο καιρό, εστιάζονται στη φιλοσοφία του θεατρικού σημείου σε συνάρτηση με τη θεωρία του χάους.
Η Μαρίκα Θωμαδάκη είναι ιδρύτρια και πρόεδρος του Κέντρου Σημειολογίας του Θεάτρου και διευθύντρια εκδόσεως του περιοδικού Θεατρογραφίες. Είναι κριτικός θεάτρου, αρθρογραφεί σε εφημερίδες και περιοδικά θεάτρου της Ελλάδας και του εξωτερικού και συνεργάζεται με ξένα Πανεπιστήμια και Διεθνή κέντρα μελέτης του Θεάτρου.
Βιβλία της ιδίας : Lorenzaccio, de Musset: Syntaxe dramatique et discours politique, 1η έκδ. Παρουσία, 1991, 2η έκδ. Paulos, 1999. Σημειωτική του ολικού θεατρικού λόγου, εκδ. Δόμος, 1993. Θεατρολογία και αισθητική. Προς μια θεωρία της ενεργειακής θεατρικότητας, εκδ. Σύγχρονη Εποχή, 1995. La dramaturgie de Coltés, εκδ. Paulos, 1η έκδ, 1995, 2η έκδ.2001. Θεατρολογικοί προβληματισμοί, εκδ. Paulos, 1996. Ο κίτρινος Θεός, εκδ. Paulos, 1997.Θεατρικός αντικατοπτρισμός. Εισαγωγή στην παραστασιολογία, εκδ. Ελληνικά Γράμματα, 1999, 2η έκδ. 2001. Η Επανάσταση των νεκρών, του Τάκη Αντωνίου : Το θέατρο του αθέατου λόγου, εκδ. Παύλος, 2001. Essais sur le tragique, εκδ. Paulos, 2002. Φιλοσοφία του σημείου και χάος. Το πείραμα της θεατρικής μεταφοράς, εκδ. Προπομπός, 2003.
Από το 1986 η Μαρίκα Θωμαδάκη διευθύνει ελεύθερο σεμινάριο στο οποίο συμμετέχουν φοιτητές και νέοι ερευνητές και στο οποίο αναλύονται κάθε χρόνο νέοι θεματικοί κύκλοι, ξεκινώντας από την Ποιητική του Αριστοτέλη μέχρι τη σύγχρονη ελληνική και ξένη δραματουργία.
Επίσης, διοργανώνει κάθε χρόνο Συμπόσιο αφιερωμένο στο Αρχαίο Δράμα και Διεθνές Συμπόσιο Θεατρολογίας και Σημειολογίας του Θεάτρου, στα οποία συμμετέχουν με ανακοίνωση καθηγητές ελληνικών και ξένων Πανεπιστημίων, καλλιτέχνες, ηθοποιοί, σκηνοθέτες, άνθρωποι των γραμμάτων αλλά και μελετητές του θεάτρου.